En este territorio encontramos un solo sistema hidrográfico, el de la Cuenca del Rio Guayas. En este sector se encuentra el río grande de Daule o Balzar, desde cuyo origen, es decir a partir de la confluencia del Rio de Oro, que viene desde el río la Morena, rio Las Vainas y el rio La esperanza, en la Provincia de Manabí, con el imponente Pupusa que viene escarpando las abruptuosidades del sistema que separa la gran Cuenca del Guayas con las afluentes del Esmeraldas hacia el sector occidental de Santo Domingo de los Sacchilas, las principales afluentes que desembocan en el rio grande y que corresponden al margen derecho mirando hacia el norte, son escasos y cortos; el Estero el Pintando y Cocopi, para luego presentar la desembocadura del Peripa. Hacia abajo tenemos varios esteros que bajan del chonero y por último el estero La Chorrera de donde recorre 200 metros para encontrar la desembocadura del Majagua que viene engrosando sus aguas del estero Cápele, siguiendo aguas abajo hasta recibir las aguas del rio Congoma, de esta afluencia el rio Peripa recibe por su margen izquierdo mirando al Norte las aguas de numerosos esteros y arroyos, siendo los más conocidos los siguientes:

Guayabo Grande (La Tigra), rio armadillo, pajarito, las damas, Gualipe, estero guayabo, guayabo chico, rio Damacio piojo y estero cherres.

Por la margen derecha recibe las aguas del Chaune que viene de la provincia de los Ríos, más abajo se encuentra la desembocadura de los ríos Salapi Grande, Salapi Chico a una distancia de 19km del rio Daule se encuentra el rio Congo afluente de este.

El rio Congo recibe por su margen izquierda las aguas de los afluentes Conguillo que sirve de límites con la provincia de los ríos, además recibe el conguito, estero grande, estero la mocora, estero la Saiba, estero chico, estero el limón y estero grande.

Por su margen derecho recibe las aguas del estero agua blanca que viene de la provincia de los ríos y por último el estero guayabo chico a 9 km del rio Congo, hacia el este se encuentra el rio Macul que sirve de limite con la provincia de Los Ríos , el Rio Macul a su vez recibe por su margen izquierdo las aguas del rio Corotú.

El estero de las Guaijas, estero Montañuela, estero la parrilla, estero mancha de Mate y el estero Bravo –Flaco, cuya confluencia sirve de limite con el cantón de Balzar.